การสกัด Cell free DNA ในปัสสาวะด้วย Compaction agent

Abstract

ปัจจุบัน Cell free DNA ถูกนำมาประยุกต์ใช้ในงานหลายด้าน เช่น การตรวจติดตามมะเร็งและการตรวจวินิจฉัยก่อนคลอดแบบไม่รุกล้ำ ปริมาณ cell free DNA ที่พบในพลาสมา และปัสสาวะมีปริมาณน้อยกว่า genomic DNA ดังนั้นวิธีการสกัด cell free DNA จึงมีส่วนสำคัญ การศึกษาครั้งนี้จึงมีวัตถุประสงค์ เพื่อพัฒนาการสกัด Cell free DNA ในปัสสาวะโดยใช้ compaction agent (spermine) โดยใช้ตัวอย่างของปัสสาวะผู้หญิงปกติที่มีการเติมชิ้นส่วน SRY gene จากนั้นทำการสกัดโดยสาร spermine โดยวิธีการเตรียมตัวอย่างปัสสาวะก่อนการสกัด (การปั่นเหวี่ยง ความร้อน และ Proteinase K) ศึกษาอุณหภูมิในการสกัดและจำนวนครั้งในการ ใส่ spermine ทำการทดสอบปริมาณ cell free DNA ที่สกัดได้โดยการอ้างอิงจากค่า Threshold cycle (Ct) ผลการศึกษาพบว่า ควรทำการปั่นเหวี่ยงปัสสาวะและทำลายโปรตีนด้วยความร้อน ก่อนสกัด การสกัดด้วย spermine ที่อุณหภูมิห้องดีกว่าที่อุณหภูมิ 4 °C การใส่ spermine จำนวน 1 ครั้ง มีผลดีกว่าใส่ 2 และ 3 ครั้ง แสดงว่า Compaction agent สามารถสกัด cell free DNA จากปัสสาวะได้ ซึ่งวิธีการนี้ประหยัด รวดเร็วและมีขั้นตอนไม่ยุ่งยาก